parameters - Snakemake:扩展参数

转载 作者：行者123 更新时间：2023-12-03 22:00:11 26 4

SAMPLES=['A','B']

rule test:
    params:
        sample=expand("{sample}", sample=SAMPLES)
    script:
        "test.py {params.sample}"

SAMPLES=['A','B']

rule print_samples:
    params:
        sample=expand("{sample}", sample=SAMPLES)
    script:
        "echo {params.sample} \n"

[str(sample) for sample in SAMPLES]

rule test:
   output: "{sample}.out"
   shell:
      "test.py {wildcards.sample}"  # no need for params, assume this writes output {sample}.out

rule all:
   input: expand('{sample}.out', sample=SAMPLES)

rule all:
   input: 'A.out', 'B.out'

26 4 0

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